[danik.js]

Почему-то А и B ссылаются на один и тот же пустой объект

Ну где же один и тот же? Это два разных объекта.

function Obj() {}
Obj.prototype.x = 'x'

A = new Obj()
B = new Obj()

alert ( A == B )

A.y = 'y'

alert ( B.y )