[danik.js]

Ну то есть как-то автоматически ставить разрешения на открывания таких окон

А может попробуешь включить мозг? Ты думаешь разрешения создавались для того чтобы их можно было обходить?

сделать так, что разрешения вообще не требовалось

<button id="button">Открыть окно</button>
<script>
button.onclick = function() {
    var newWin = window.open('$url', 'JSSite',
    'width=880,height=550,resizable=yes,scrollbars=yes,status=yes');
    newWin.focus();
};
</script>