[Aeliot]

Там единственный таймер: interval = setInterval(update, 100);
Который тестит стек каждые 100мс

Это понятно.
Я про другое.
В хэш "timers" много чего хранится. В функции "add" есть такие строки:

timers[nextId++] = {
      state: "active",
      deadline: now() + duration,
      row: row
    };

где "row" - это фактически строка таблицы примерно такого вида:

<tr class="timer-fired"><td>Вася</td><td>00:00:00</td><td><span class="timer-control">пауза</span><span class="timer-control">удалить</span></td></tr>

Если мы в хеш сохраним 500 таких строк, то это должно как-то сказаться на его производительности.