Ozerich,
Все равно делать так, как вы делали изначально - нельзя.
script.js:
alert("from script file");
index.html:
<script type="text/javascript" src="script.js">
alert("from document");
</script>
При запуске будет выведено только "from script file", потому что скрипт в теле контейнера <script>
не будет выполнен, раз указан атрибут
"src".