newWin нужно сделать глобальной
в 21 строке ты $url получаешь
а строки с 23-27 заменяем
if($url){newWin.location.href=$url;newWin.focus()}
else newWin.close()//если нет перенаправленич то закрываем
так как окон много то newWin нужно сдедать массивом
var newWin=[],ind=0;
button.onclick = function() {
newWin[ind] = window.open('l', 'JSSite','width=880,height=550,resizable=yes,scrollbars=yes,status=yes');
newWin.focus();};
//ответ с сервера после проверки
if($url){newWin[ind].location.href=$url;newWin[ind++].focus()}
else newWin[ind].close()