Кто ж будет копаться в таком коде то?? Хотя бы правила рассказали.. я вот запустил и что делать не знаю.
вот вы говорите, что очки не считаются. я так думаю дело в вашем длинном и непонятном условии:
if ((mot0.charAt(0)==mot1.charAt(0)&& mot0.charAt(0)==mot2.charAt(0)||
mot0.charAt(0)!=mot1.charAt(0)&& mot0.charAt(0)!= mot2.charAt(0)&&
mot1.charAt(0)!=mot2.charAt(0))&&(mot0.charAt(1)==mot1.charAt(1)
&& mot0.charAt(1)==mot2.charAt(1)||mot0.charAt(1)!=mot1.charAt(1)
&&mot0.charAt(1)!=mot2.charAt(1)&&mot1.charAt(1)!=mot2.charAt(1))
&&(mot0.charAt(2)==mot1.charAt(2)&&mot0.charAt(2)==mot2.charAt(2)
||mot0.charAt(2)!=mot1.charAt(2)&&mot0.charAt(2)!=mot2.charAt(2)
&&mot1.charAt(2)!=mot2.charAt(2))&&(mot0.charAt(3)==mot1.charAt(3)
&&mot0.charAt(3)==mot2.charAt(3)||mot0.charAt(3)!=mot1.charAt(3)
&&mot0.charAt(3)!=mot2.charAt(3)&&mot1.charAt(3)!=mot2.charAt(3)))
попробуйте разбить его на части результат можно отслеживать в консоли console.log(parameter)