[skrudjmakdak]

Тогда получается мне надо html переписывать и вставлять скрипт php там где надо.

зачем переписывать, просто в пхп удалите переносы строк.
скиньте сюда, как вы генерируйте свой js код (хотя честно, его лучше переписать)