[naokgoiv]

Позно, но может кто-нибудь еще столкнется. Было такое же. В доках нашел

onSuccess(responseTree, responseElements, responseHTML, responseJavaScript)

var container = $('wrap'); // элемент container для полученных данных

new Request.HTML({
        url: 'index.php', 
		evalScripts :'true',
        onSuccess: function(tree, elements, html) { // ОБРАТИТЕ ВНИМАНИЕ НА ПАРАМЕТРЫ
            container.set('html', html); 
           
        },
        onFailure: function() { // ошибка запроса
            container.set('html', 'The request failed.');
            
        },
        onCancel: function() { // отмена запроса
            container.set('html', 'The request calcelled.');
           
        }
    }).send();

Смотрите 6 строку.
Так должно работать!