[danik.js]

innerHTML можно использовать без проблем. Более того, на массивных операциях это позволяет увеличить производительность. Вот только не нужно впадать в крайности. Я бы например предпочел такой вариант:

for (var i = 1; i <= md; i++){
            var option = document.createElement('OPTION');
            option.innerHTML = option.value = i;
            option.selected = (i == day.getDate());
            select.appendChild(option);
        }