Ну тут сначала нужно разделить случаи. Первый -- это нивелирование различий браузеров: тот же forEach (да и остальные методы, кроме reduce-reduceRight) везде есть, в ИЕ нет. Второй случай -- добавление своих методов. Тут я тоже не вижу путаницы. Простой и полезный метод last, например,
var lastElem = getMyArray().last();
Где тут путаница?
Вот если бы вопрос стоял "Расширять ли прототипы во фреймворках?", тогда можно подумать, но в каждом случае отдельно, в зависимости от его целей и задач.