devote,
а если так ?
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
</head>
<body>
<div><div></div><div></div><div></div><div></div></div><input />
<script>
alert('сейчас пустых элементов всего: ' + document.querySelectorAll('body :empty').length);
var emptyElements = document.querySelectorAll('body :empty');
for(var i = emptyElements.length, elem; elem = emptyElements[--i];) {
elem.parentNode && elem.parentNode.removeChild(elem);
}
alert('Осталось пустых элементов всего: ' + document.querySelectorAll('body :empty').length);
</script>
</body>
</html>