Исключить IMG, INPUT
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
</head>
<body>
<div><div></div><div></div><div></div><div></div></div><input />
<script>
alert('сейчас пустых элементов всего: ' + document.querySelectorAll('body :empty:not(img):not(input)').length);
for(var elem; elem = document.querySelector('body :empty:not(img):not(input)'); ) {
elem.parentNode.removeChild(elem);
}
alert('Осталось пустых элементов всего: ' + document.querySelectorAll('body :empty:not(img):not(input)').length);
</script>
</body>
</html>