[valyan]

попробуйте вынести ее за функцию

var coord = 0;
function
{
 this.Run = function(
 {
...
  for (i = 0; i < orderobj.length; i++)
  {
    var geocoder = new ymaps.geocode(city + " " + orderobj[i].deliveryAddress.building.street.name + " " + orderobj[i].deliveryAddress.building.number, { results: 1 });
    geocoder.then(
    function (res) 
    {
       window.coord = res.geoObjects.get(0).geometry.getCoordinates();
    }
    );
    alert(coord); // показывает 0
    var order = new ymaps.Placemark([coord],
    {
    }
  }
 }
}

При первом "проходе" показывает "0", при втором показывает координаты.