В XSLT переменную нужно получать так:
<xsl:value-of select="{$Code}" />
В твоём случае нужно делать так:
<input type="checkbox" name="item" id="item" onclick="javascript:getAjaxData('total.asp', 'Total');">
<xsl:attribute name="value"><xsl:value-of select="{$Code}" /></xsl:attribute>
</input>