Проблема здесь в том, что пересекаются два скрипта, карусель и лайтбокс.
Карусель подгружает контент в блок интерактивно, то есть уже после построения DOM. Поэтому ссылки из подгруженного контента, на которые должен откликаться лайтбокс остаются не инициализированными. Проблема решается в скрипте карусели заменой события .click на событие .live('click',...):
.live('click', function(){
// внутри этой функции еще раз инициализируем лайтбокс
$('h3 > a').lightbox();
})