Если "инпутов" несколько, они у вас будут иметь одинаковый id:
html += '<td><a [B]id="button-upload"[/B] class="button">'+"<?php echo $button_upload;?>"+'</a></td>';
Поскольку элементы создаются динамически, стоит сделать как-нибудь так:
function ajaxUp(elId) {
new AjaxUpload(elId, {
...
});
}
function addAttachment() {
html += '<td><a id="button-upload'+attachment_row+'" class="button">'+"<?php echo $button_upload;?>"+'</a></td>';
ajaxUp('#button-upload'+attachment_row);
});