hogart,
Я, например, не вижу задач, которые бы рационально было решать с помощью расширения прототипов встроенных объектов. Ну, возможно, кроме маленьких вспомогательных методов, вроде last(), или методов для обеспечения кросс-браузерности.
Я бы не хотел встретиться в коде с такой конструкцией:
var a = [];
a.loadDOMNodes("div.someclass");
Даже если будет один фреймворк в проекте.