[tsigel]

По идее - надо при сравнении массивов при нахождении первого отличия - сравнивать также со всеми последующими элементами, но это будет подходить только для добавления слова.

Неработающие наброски...

if (arr1.length >= arr2.length) {
  for (var i = 0; i < arr1.length; i++) {
    if (arr1[i] != arr2[i]){
      arr2[i] += "<span class='changedText'>"
      for (var j = i; j < arr2.length; j++) {
        if (arr1[i] == arr2[j]) {
          arr2[j] = "</span>" + arr2[j]
          break;
        }
      }
    }    
  }
}