[JustCrazy]

вот этот участок кода у вас отвечает за запуск модального окна, когда документ загрузился и каждые 5 секунд мониторит куки,

$(function(){
   show_fancybox();
   setInterval(show_fancybox, 5000);
})

чтобы скрипт стартовал через минуту после запуска страницы:

$(function(){
   setTimeout(function(){ 
     show_fancybox();
     setInterval(show_fancybox, 5000); 
  },60000);
})