[rekzi]

"При каждом прохождении цикла в вид отправляется новое значение $file" - Вид, наверное, не меняется таким способом. По вашему пониманию, страница браузера должна обновляться с каждым проходом цикла? Делайте несколько инпутов. В виде поле одно, и, я так понимаю, когда он сформирован (первое значение), то отдается клиенту в виде html, а цикл работает дальше. Однозначно ошибка в этом, хотя я не знаком особо с MVC в php. Попробуйте создать глобальную переменную i, от которой будет зависеть отдача соответствующего значения массива имен файлов.