Если я правильно понял, то тебе нужно продекларировать принадлежность методов к прототипу класса, а это можно сделать с помощью директивы lends, но нужно учесть 2 моменты при работе с ней:
1) В директиве указывается ссылка, а не название конструктора или тип, как в type или param
2) Директива применима только для литералов объекта.
Использование:
/** @constructor */
var MyClass = new Class(function init() {
this.myMethod();
}, /** @lends {MyClass.prototype} */ {
myMethod: function () { },
myMethod2: function () { }
});
new MyClass().myMethod();