[рони]

webinsoul,
откуда таймеру знать что есть this? сохраните в переменной и в функции замените $(this)

$(document).ready(function () {
var timer;
    $(".annotation span").mouseenter(function () {
        var el =  $(this);
        timer = window.setTimeout(function () {
		 el.next("em").stop(true, true).animate({opacity: "show", top: "-70"}, 100);
        }, 1000)



    }).mouseleave(function () {
        window.clearTimeout(timer)
         $(this).next("em").animate({opacity: "hide", top: "-40"}, 100);
    });
});