name задает имена только полям форм и имет особый смысл только впределах этих форм. А у тебя код даже не пытается работать с формой. "имя" элемента (любого) же в общем задается атрибутом id. И действительно существует возможность обращаться напрямую по имени (то есть браузер автоматически создает свойства window.id_элемента). Но в отношении контролов это хреново работает в IE.
Атрибуты же name контролов автоматически мапятся на соответствующие свойства родительской формы. Ссылка на форму есть у каждого контрола.
Так что код должен быть таким:
<input onсlick=funFilter(this.form.lstAuthor.value,this.form.lstTheme.value)>
Причем this можно опустить, так как инлайн-обработчики браузер оборачивает во что-то типа
with (this) { ... }