Как вариант.
var valOperand = eval(prompt("Введите число для возведения в степень", ""));
var valExponent = eval(prompt("Введите степень", ""));
alert( Math.pow(valOperand, valExponent) );
Идеальный же вариант - создание парсера выражений (смотри
http://zaach.github.io/jison/demos/calc/)