Тупо перебором
function Arrays(A,B)
{
var m = A.length, n = B.length;
for (var i = 0; i < m; i++)
{ for (var j = 0; j < n; j++)
{ if (B[j] === A[i][0]) B[j] = A[i][1]; }
}
return B;
}
var arrA = [['1','a'],['2','b'],['3','c'],['4','d']],
arrB = ['1','4','2','8','1','6','5','2','4'];
alert( Arrays(arrA,arrB) );