[BETEPAH]

Не понимаю.

получается проблема в том, что div c id="container" смещен вниз за счет div c id="LoadClip" из-за этого проблема, а нужно, чтобы не смещался вниз

Ну сделайте абсолютное позиционированние его. Не понимаю, что в итоге должно получиться:

#LoadClip {
    height: 100px;
    overflow: auto;
    position: absolute;
    width: 300px;
    z-index: 2;
}

#OverPage {
    background: none repeat scroll 0 0 #000000;
    bottom: 0;
    left: 0;
    opacity: 0.5;
    overflow: auto;
    position: absolute;
    right: 0;
    top: 0;
    z-index: 1;
}