[Madzi]

как указать что этот файл зависит от других модулей но при этом не изменяя его ?

YUI.add('module-name', function (Y) {
// ... текст модуля ...
}, 'version', {
    lang: ['ru'], // для каких языков есть языковые файлы
    requires: [
        'some-module',... // модули от которых зависит данный модуль.
   ]
    skinnable: true // присутствует CSS
});

Зависимость модулей может быть иерархическая.
Т.е.
например:
* dom
* base
* core
* strings
В модуле dom указываются только base и strings, а в base - core.