[Madzi]

речь не о хорошо или плохо. вы ведь сами пишите что можно делать из файла модуль не изменяя его, и тут же приводите пример в котором его изменяет.

Можно вообще без изменений:

YUI({
groups: {
  'old-scripts': {
    'old-script': {
      base: 'http://...', // Путь к скриптам
      async: false,
      modules: {
        'old-script': {
          path: 'old-script.js', // путь к файлу (относительно указанного выше)
          requires: ['another-old-script'] // файлы от которых зависит данный
        },
        'another-old-script': { // также сюда можно включать CSS файлы
        ...
        }
      }
    }
  }
}
}).use('old-script', function (Y) {
//... Песочница, в которой доступен "старый" код
});