Приведу свою реализацию, возможно не лучшее решение, но работает вполне нормально.
Я тоже в свое время озадачился таким вопросом, т.к. активно использую Ajax-ссылки, и разные UI плагины. В общей архитектуре используется технология MVC, и есть представления (Veiw-файлы) в которых собирается HTML. Так вот, в этот html я встраиваю специальные теги в которых указываю ту функцию которую нужно запустить, при желании ей можно передать пременные (селекторы, id и т.д.). После удачной подгрузки по Ajax, запускается функция, которая ищет такие теги и запускает функции инициализации в соответственно.
Пример:
скрытый тег на странице, который указывает, что именно запустить
<input class="initJS" type="hidden" value="initEditor();" />
После подгрузки страницы $.ajax запускается функиция, которая ищет на странице, что ей нужно запустить
$('input.initJS').each(function (index, element) {
var fun = $(element).val();
eval(fun);
});
}