[BETEPAH]

http://learn.javascript.ru/comparison

Значения null и undefined равны == друг другу и не равны чему бы то ни было ещё.
Это жёсткое правило буквально прописано в спецификации языка.

Как-то так предлагаю:

$(document).ready(function () {
	 if(!getCookie('iWas')) {
		setTimeout( function(){
			document.getElementById('popup').style.display='block';
			setCookie('iWas', 'here');
		} , 1000);
	};
});

функции getCookie и setCookie не расшифровываю для краткости. Можете написать свои, можете использовать эти, например http://learn.javascript.ru/cookie