var mess = 'Но если например в сообщении два адреса [url]http://www.google.com[/url] и [url]http://www.google.com[/url] то уже не отрабатывает ни одно вхождение';
var url = /((([A-Za-z]{3,9}):\/\/)*?([-;:&=\+\$,\w]+@{1})?(([-A-Za-z0-9]+\.)+[A-Za-z]{2,3})(:\d+)?((\/[-\+~%/\.\w]+)?\/?([&?][-\+=&;%@\.\w]+)?(#[\w]+)?)?)/igm;
mess = mess.replace(url, '<a href="$1">$1</a>');
alert(mess)
регулярное выражение на вашей совести
P.S. форум оборачивает ссылку в bbcode даже в теге js? Странно