camera.position.x = (Math.cos(timer) * 2000);
camera.position.z = (Math.sin(timer) * 2000);
ну дык ты ж меняешь положение камеры у осей X и Z, выставь нужную ось (или оси) и будет тебе счастье.
например
camera.position.y = (Math.cos(timer) * 2000);
camera.position.z = (Math.sin(timer) * 2000);