[danik.js]

<input type="checkbox" value="1000" checked="" />
<input type="checkbox" value="2000" />
<input type="checkbox" value="3000" checked />
<script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.min.js"></script>
<script>
var checkboxes = $('input[type=checkbox]:checked');
for (var i=0; i < checkboxes.length; i++){
   var x = checkboxes[i].value;
   alert(x);
}
</script>

Пояснения:
1) функция $() возвращает объект, похожий на массив (можно обращаться по числовым ключам, и имеется свойство length, указывающее количество элементов). Сам объект имеет интересные методы вроде val(), html(), hide() и прочие (смотри api.jquery.com). Сами элементы "массива" - это голые DOM-элементы, не имеющие этих свойств.
2) Перед i забыл ключевое слово var, но это не критично
3) Коллекции должны быть именованы множественным числом (это касается стиля именования и не влияет конечно же на результат).


Ну и на последок, jquery-way:

var $checkboxes = $('input[type=checkbox]:checked');
$checkboxes.each(function(){
    var x = this.value;
    alert(x);
});