[Octane]

Нет бы html-код показать, с которым идет работа, так нет, мы же должны угадывать, что у вас там не так.

<form action="">
	<fieldset>
    	<div>
    		<label for="pwd">Пароль: </label>
            <input id="pwd" type="password" />
        </div>
    	<div>
    		<label for="pwd2">Повторите пароль: </label>
            <input id="pwd2" type="password" />
        </div>
        <div>
        	<input id="check" type="button" value="Проверить" />
        </div>
    </fieldset>
</form>
<script type="text/javascript">
	document.getElementById("check").onclick = function() {
		var pwd = document.getElementById("pwd").value;
		var pwd2 = document.getElementById("pwd2").value;
		if(pwd && pwd == pwd2) {
			alert("Пароли совпадают");
		}
	};
</script>