[Faab]

Только что дал локальным переменнам второй функции now, result и progress другие имена (что бы не было случайных пересечений с первой функцией) и всё заработало. Вроде локальные переменные, а всё равно как-то влияли друг на друга.

Ну и, конечно, оба ваших варианта работают теперь отлично:

setTimeout(
        	(function (N,M) {
        		return function (){
        			fSetTimeoutRemove(N, 500, 0, 1000, M);
        		}
        	})(eLineF1,startF1)
        	, 
        	1000
        );

или так

setTimeout(
          function (){
            fSetTimeoutRemove(eLineF1, 500, 0 , 1000, startF1);
          }, 
          1000
        );

Спасибо