[YorikoSC]

if ((color != "зеленый")&&(color != "красный")&&(size == "большой")&&(form == "круглый"))

На самом деле я ещё раз поменял и дописал код:

var color = prompt('Цвет: синий, красный или зеленый?','');
  var size = prompt('Размер: большой или маленький?','');
  var form = prompt('Форма: круглый или квадратный?','');
 
	if ((color == 'синий')&&(color !== "зеленый")&&(color !== "красный")&&(size == "большой")&&(form == "круглый"))
		{
			alert('Что-то синее и большое');
		}
	else if ((color == "зеленый")&&(size == 'большой'||'маленький')&&(form == "квадратный"))
		{
			alert('Наверное вы подумали про яблоко, но почему квадратное?');
		}
		else
		{
			alert('Одно или несколько условий заданы неверно');
		}

Просто, если писать "=" то в 1 варианте при вводе даже желтого цвета, огромного размера, и плоской формы, он выдаст 1 alert.
Так же и для 2 alert.
Я конечно могу заблуждаться - мой опыт в JS всего неделя.