А браузер какой? В хроме все отлично.
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<style>
body {
height: 2000px;
</style>
</head>
<body>
<a href="#" id="link2" data-tooltip="HTML<br>подсказка">Еще ссылка</a>
<script>
document.body.onmouseover = function(e) {
var event = e || window.event;
var target = event.target || event.srcElement;
if (target.tagName=='A'){
var newDiv = document.createElement('div');
newDiv.innerHTML = target.getAttribute('data-tooltip');
target.insertAdjacentElement('beforeBegin', newDiv);
}
}
</script>
</body>
</html>