Пробовал такой вариант, но где-то ошибка:
var countBlocks = document.getElementById('container').children.length;
if(countBlocks > 3) {
	var hide_blocks = document.getElementById('container').children;
	for(var i=2;i<countBlocks;i++) {
		hide_blocks[i].parentNode.removeChild(hide_blocks[i]);
	}
}