Пробовал такой вариант, но где-то ошибка:
var countBlocks = document.getElementById('container').children.length;
if(countBlocks > 3) {
var hide_blocks = document.getElementById('container').children;
for(var i=2;i<countBlocks;i++) {
hide_blocks[i].parentNode.removeChild(hide_blocks[i]);
}
}