hellbeast92, для этого нужно возвращать либо свой объект либо, писать свойство zIndex прям в ДОМ объект.
Slide.prototype.num = function(number){
var obj = this.dom[number-1]
obj.zIndex = this._zIndex(obj);
return obj;
};
Slide.prototype._zIndex = function(obj){
return (obj.style.zIndex == "" ? getComputedStyle(obj, '').zIndex : obj.style.zIndex);
};