[cyber]

Maxmaxmaximus4,, епать я затупил, короче можно сделать что бы в пару раз быстрее работало)
нужно добавить проверку

function compare(fArr,arr) {
    
    var search = arr.slice(),
        insert = [],
        remove = [],
        replace = [];
    
    for(var i = 0, index; i < fArr.length; i++) {
        
      if(fArr[i] === arr[i]){// вот эта проверка
        
       delete search[i];
       continue;
      }
        
          
        index = search.indexOf(fArr[i]);

        if(!~index) {
          
            remove.push(i);
            continue;
        }
        
        i != index && replace.push({old: i, new: index});
        
        delete search[index];

        };
    
    search.forEach(function (elem, i) {
        if(elem)
          insert.push(i);     
    });
    
    return {
        remove: remove,
        insert: insert,
        replace: replace
    }
    
}