Lodas,
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
<script type='text/javascript' src='http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.js'></script>
<script>
$(window).load(function(){
alert($('body').html());
$('ul:empty').remove();
alert($('body').html());
})
</script>
</head>
<body>
<ul class="tree dhtml">
<li>Категория1
<ul>
<li>Подкатегория 1.1<ul></ul></li>
<li>Подкатегория 1.2<ul></ul></li>
</ul>
</li>
</ul>
</body>
</html>