[ksa]

href="2/2053/index.htm" в href="/file.php?url=2/2053

Как вариант...

var str="../../2/2053/index.htm";
var org="/file.php?url=2/2053";
var r=/^\.\.\/\.\.\/(\d+)\/(\d+)\/[\s\S]*/
alert(str.replace(r,'/file.php?url=$1/$2')==org);