[MrBoriska]

Спасибо за найденные ошибки) Я еще не очень вник в типы данных, поэтому не знал что проверки нужно делать на тождественности.

Вот исправленный код, который начал выводить теги, как и раньше. Но цикл while, который должен сравнить элемент текущей итерации цикла for со всеми элементами массива NoTags[] и при любом совпадении устанавливать флаг DeleteWord = true что завершает цикл while... походу не работает.

var keywords1, keywords2 = new Array(), keywords3 =  new Array();
function getWords(s) {	
	return s.replace(/[^а-яА-Яa-zA-Z]+/g, " ").toLowerCase(); // Возвращаем массив только из букв
}
function getKeywords(s) {
	var tmp;
	tmp = getWords(s);
	return tmp.split(" "); // Возвращаем массив тегов
}
function countKeywords () {
	var s = $('#editor').val() + $('.wysibb-text-editor').html(); // Получаем текст из которого нужно выделить теги
	
	var noRepeatKeyword = $('#noRepeatKeyword').val(), // Получаем слова-исключания
         re = /\s*,\s*/, // убираем пробелы вокруг запятых
         NoTags = noRepeatKeyword.split(re);// Выделяем массив слов-исключений


	var minLengthKeyword = parseInt($('#minLengthKeyword').val()), // Минимальная длинна тега
	     minRepeatKeyword = parseInt($('#minRepeatKeyword').val()), // Минимальное количество его повторений
	     coincidence = parseFloat($('#coincidence').val()); // Коэффицент совпадения
	
	var tmpKeywords1 = getKeywords(s),
	     tmpKeywords2 = new Array();

	for (i=0;i<tmpKeywords1.length;i++) { // Перебираем полученный массив и создаем новый из удовледворяющих условию элементов
		var currentWord = tmpKeywords1[i],
        DeleteWord = false,
		n=0;

		while ((n<NoTags.length) && (DeleteWord === true)) {
		  if (currentWord = NoTags[n]) {
		     DeleteWord = true;
		  } // если элемент из тегов совпадает с одним из исключаений назначаем флаг
		  n=n+1;
		}
		
		if ((currentWord.length >= minLengthKeyword) && (DeleteWord === false))  {
			keywords2.push(currentWord); // Добавляем в массив результатов если length >= minLengthKeyword и если это слово не входит в исключения
		}
	}


	for (i=0;i<keywords2.length;i++) { // Перебираем полученный массив и создаем новый из удовледворяющих условию элементов
		var currentWord = keywords2[i];
		currentWordCore = currentWord.substr(0,Math.round(currentWord.length*coincidence));
		
		var inwords2 = keywords2.grep(currentWordCore);

		if (inwords2.length >= minRepeatKeyword && keywords3.grep(currentWordCore).length <1) { 
			keywords3.push(currentWord);
		}
	}	
	document.getElementById('keywords').value = keywords3;
	keywords2 = new Array();
	keywords3 = new Array();
}

// Создаем и выводим строку тегов
function grep(str) { 
	var ar = new Array();
	var arSub = 0;
	for (var i in this) {
		if (typeof this[i] == "string" && this[i].indexOf(str) != -1){
			ar[arSub] = this[i];
			arSub++;
		}
	}
	return ar;
}
Array.prototype.remove=function(s){
  for(i=0;i<this .length;i++){
    if(s==this[i]) this.splice(i, 1);
  }
}

Array.prototype.grep = grep;