В этой строчке была проблема, я понял... я обновлял при втором вызове css (.clBox)...
==
Boxs.prototype.createBox = function(width,height,bgColor){
$('#idDiv').append('<div class="clBox"></div>');
$('.clBox').css({'width' : this.width+'px', 'height' : this.height+'px', 'background-color' : this.bgColor, 'margin' : '80px'});
}
==
Спасибо за помощь)