den777,
Берём ссылку, копируем в текстовую переменную. С помощью магических операций с текстовыми переменными (их множество разных вариантов и реализаций (split, replace, indexOf и комбинции их применения)), убираем всё лишнее, оставив только значение. Придумываем имя и пишем в куку.
Пример магической опирации:
alert("site.net.com/?ref=R111".split("ref=")[1]);