> Необходимо, чтобы после нажатия на ссылку менялось value у input скрытого типа
<a href="#" onclick="document.getElementById('idСкрытогоИнпута').value = 'bla-bla'; return !1;">.change value</a>
> (*) Нужно еще, чтобы вместо 'blablabla' подставлялся параметр из php (например, из переменной $id).
в самом простом случае:
... ReplyTo('<?php echo $id; ?>') ..
> но как мне передать измененный параметр в обработчик формы, чтобы он добавил его в базу данных? Какие-то манипуляции с $_GET?
Так и делайте. Скрытый инпут у Вас же в форме. Так в чем проблема? JS установит значение в инпут, а форма засабмитит запрос (какой при этом метод будет - GET или POST - определяете Вы сами; на стороне PHP анализируются суперглобальные массивы $_GET и $_POST соотвественно).