[ksa]

А убрать нулевые элементы(1,3,5) с помощью splice нельзя?

Крути цикл по первому массиву, потом убирай тот "нулевой элемент"...

var a=[[1,2],[3,4],[5,6]];
for (var i=0; i<a.length; i++) a[i].splice(0,1);
alert(a);