Так не работает
var timer;
$(window).onscroll=function(){
if (timer) {
cleatTimeout(timer);
};
timer=setTimeout(stopscroll, 300);
};
stopscroll=function() {
timer= false;
//дальше выполняете всё, что нужно
$('#header').animate({
'opacity':'1'},{
duration:300,
}).clearQueue();
};