[рони]

то нужно его превратить в одномерный, отсортировать и собрать обратно в двумерный

да

var arr=[],n , i, j, col, row, c, X;
//----------------------------------------------------------------------------
for (col = 0; col<5; col++){
    arr.push([]);
    for(row=0; row<5; row++){
        var x=Math.round(Math.random()*5);
        arr[col].push(x);
    }
}
alert(arr.join('\n'));
//----------------------------------------------------------------------------

function sort(a) {
    for (var b = 0; b < a.length - 1; b++)
        for (var c = b + 1; c < a.length; c++) {
            var e = a[c].length;
            if (e)
                for (var d = 0; d < e; d++) {
                    if (a[c][d] != a[b][d]) {
                        if (a[c][d] > a[b][d]) break;
                        if (a[c][d] < a[b][d]) {
                            e = a[b];
                            a[b] = a[c];
                            a[c] = e;
                            break
                        }
                    }
                } else a[c] < a[b] && (e = a[b], a[b] = a[c], a[c] = e)
        }
    return a
};
var z = [];
for (var i=0; i<arr.length; i++)  {
  z = z.concat(arr[i])
}
z = sort(z);
for (var i=0; i<5; i++)  {
  z.push(z.splice(0,5))
}
alert(z.join('\n'));