[Deff]

Смотри мой комментарий выше, об однопоточности JS (причем один поток с ui).

<input id="modal"   placeholder='Жду ввода "Yes"'>
<script type="text/javascript">

function showModalDialog(options){
var inp = document.getElementById('modal');
alert('Start Modal')
  while (inp.value != 'Yes') {
     var out=false;
  }
  return out=true;

}
var MyCallback = 1
function SaveAction(){
   //...
   var options = {}
   if( showModalDialog(options))alert('Диалог завершен!')
}
SaveAction()
</script>